临床上，肝内胆管结石，多呈黄褐色、块状或泥沙样胆色素结石，结石的化学成分主要是胆红素钙。

　　细菌感染、胆道蛔虫和胆管阻塞与肝内胆管结石发生有密切关系，也可能因手术后胆管狭窄或胆汁排流不畅所致。

　　临床表现可因病变部位的不同而多样化，当结石降入肝外胆管造成胆道梗阻或急性炎症时，可发生上腹绞痛、寒战、高热及黄疸等化脓性胆管炎表现。

　　若结石并未脱落进入肝外胆道，有时也会并发感染，此时可出现寒战及高热等败血症症状，严重时出现中毒性休克，但病人可以不出现腹部绞痛及黄疸，故常易误诊。

　　有时肝内胆管结石因长期阻塞肝内胆管，导致肝脏发生病变，如肝组织坏死，形成脓肿，最后使一部分肝脏发生萎缩而失去正常的功能。